شارلوت دلا کروز یک تحصیل کرده‌ی تقریبا بیکار است، او وقت خودش را در  یک شغل بدون ترقی در سن دیگو تلف می‌کند و اوقات فراغت خودش را صرف دنبال کردن تئوری‌های توطئه در سمت تاریک اینترنت می‌کند. اما زمانی که یک توطئه واقعی در زندگی او رخ می‌دهد، او به داخل مدار قاتلین (اساسین‌ها) کشیده می‌شود، یک سازمان مرموز از قاتلین اصولگرا با ریشه‌هایی که به هزاران سال قبل برمی‌گردد - و کاربرانی که تکنولوژی آنیموس را دزدیده‌اند، تکنولوژی که به آنها اجازه می‌دهد خاطرات اجدادشان رو طوری تجربه کنند که انگار واقعا آنجا بوده‌اند! شارلوت رازی نهفته در خون خود دارد... خاطره ژنتیکی یکی از اجداد او که در زمان ردیابی جادوگر بدنام در روستای سالم حضور داشته است: تام استودارد، یک اساسین که شاهد یک عمل تاریک با عواقب امروزی بود! همانطور که شارلوت هنرهای اساسینز ها را آموزش می‌بیند و تحقیقات درباره زندگی اجداد خودش را آغاز می‌کند... فرقه شوالیه‌های معبد بر علیه او حرکت می‌کنند. آیا شارلوت مهارت‌هایی که برای زنده ماندن نیاز دارد، و حقیقتی را که برای اثبات ارزش خود لازم دارد را قبل از اینکه تمپلار‌ها او را برای همیشه ساکت کنند، یاد می‌گیرد؟!